L’île offre une incroyable diversité de reliefs, dominée par les Hautes Terres au centre, où se trouvent des chaînes montagneuses comme le massif de l’Andringitra, abritant le pic Boby (2 658 m), deuxième plus haut sommet de Madagascar. Plus au nord, le massif de Tsaratanana avec le Maromokotro (2 876 m) est le point culminant de l’île. À l’ouest, les montagnes descendent vers des plateaux et des paysages arides, comme ceux des Tsingy de Bemaraha, offrant un contraste saisissant avec les zones verdoyantes de l’Est.
Les forêts tropicales humides, surtout présentes sur la côte est, sont essentielles à la biodiversité de l’île. Elles ne couvrent plus que 10 % du territoire, mais abritent une grande partie de la faune et de la flore endémiques. Le parc national de Masoala, l’une des plus grandes réserves forestières, regorge d’espèces rares et menacées, telles que les orchidées, les lémuriens et de nombreuses variétés d’oiseaux. À l’ouest et au sud, les forêts sèches et forêts épineuses s’étendent, adaptées à des climats plus arides, avec une prédominance de baobabs et de plantes succulentes. Ces forêts, bien que moins denses, jouent un rôle clé dans l’écosystème local, notamment pour les espèces animales uniques à cette région.
La végétation présente une diversité fascinante, allant des forêts tropicales aux savanes et zones arides. Parmi les espèces emblématiques figurent les baobabs, dont 6 des 8 espèces mondiales sont endémiques. Leurs silhouettes imposantes dominent les forêts sèches, créant des paysages époustouflants, notamment dans la célèbre Allée des Baobabs. Les régions plus arides sont peuplées d’aloès, de plantes succulentes et de mangroves le long des côtes. Quant aux forêts tropicales, elles abritent des essences précieuses comme les palmiers, les arbres fruitiers et une grande variété d’arbres à bois dur utilisés localement.